Известные герои – черепашки-ниндзя – снова вернутся на поле боя, чтобы обезвредить опасность, которая нависла над городом… События разворачиваются в пределах Нью-Йорка. Мегаполис в очередной раз оказался в безвыходном положении. Злоумышленник по имени Шредер стал контролировать все важнейшие структуры города. В результате жители Нью-Йорка пребывают в постоянном паническом страхе, ведь каждый день на улицах происходит безнаказанное насилие. В последнее время весь мегаполис находится в отчаянии и ждет спасения. На помощь в очередной раз приходит четверка зеленых героев. Они постараются сделать все возможное и даже больше, чтобы освободить свой родной город он насилий и вернуть на улицы прежнее спокойствие. Они обитают в канализации Йью-Йорка. После того, как в подземелье проникло инородное вещество и попало в организмы черепашек их тела мутировали, поэтому герои стали гораздо сильнее и выносливее.