На свалке в незаконном поселении, далеко под таинственным космическим городом Залем, опальный кибер - доктор Дайсуке Идо обнаруживает странную находку: оторванную голову женщины-киборга, потерявшую все свои воспоминания. Он называет ее Алитой и делает ей новое мощное тело - Берсерк. Алита не помнит подробностей своей прежней жизни, но в момент отчаяния в ней пробуждаются воспоминания о легендарной школе боевых искусств. В этом месте, где нет справедливости, кроме того, что люди делают для себя, Алита решает стать убийцей охотников, выслеживая и уничтожая тех, кто охотится на слабых. Но сможет ли она сохранить свою человечность, если уже начала упиваться жаждой крови?