Все начиналось в конце 20 века, когда в человеческой цивилизации доминировал покой и мир между странами. Тогда, ученые решили провести рискованный эксперимент в котором они попытались совместить кибернетический мозг и искусственное тело. По-сути, они хотели создать идеального человека, которого в итоге, нарекут первым киборгом в истории человечества. Эксперимент оказался удачным. Созданные синтетические люди, помогли решить многие, актуальные проблемы. Они выполняли сложные задачи в наиболее опасных условиях и спасли, таким образом, множество жизней. Однако, из послушных марионеток, новые люди, довольно быстро превратились в злейших врагов своих создателей. Началась война между человеком и восставшими машинами. Спустя три столетия, пожилой профессор, изучая мусор обнаруживает сломанного киборга на свалке. Он выглядит как девочка. На вид, ей около 14-ти лет. Алита, не обычный робот. Это настоящая машина для убийства. Профессиональный войн, владеющий множеством боевых приемов. Но, она ничего не помнит о своем происхождении. Восстановив свои конечности, Алита отправляется на поиски потерянного дома.