Небольшая горстка людей, не сдавшихся искусственному интеллекту Матрице, стремящейся захватить власть над людьми, скрывается в подземном городе Зионе. Матрица предпринимает последние попытки уничтожить «очаг свободы» с помощью четверти миллиона железных машин-роботов. На корабле «Навуходоносор», которым управляет бесстрашный капитан Морфеус (Лоренс Фишбёрн), Нео (Киану Ривз) и его возлюбленная Тринити (Кэрри-Энн Мосс) оправляются за пределы Зиона, чтобы встретиться с прорицательницей Пифией (Глория Фостер). Нео надеется, что она укажет ему путь и поможет выполнить предначертанную миссию, которая заключается в прекращении войны и спасении человечества.